［主要目次］

まえがき
日本語版への序
計算例

第1章　進化の分子生物学的基礎
　1.1　生命の進化系統樹
　1.2　進化の機構
　1.3　遺伝子の構造と機能
　1.4　ＤＮＡ配列の変化と突然変異
　1.5　コドンとその使用頻度

第2章　アミノ酸配列の進化的変化
　2.1　アミノ酸の違いとアミノ酸の異なるサイトの割合
　2.2　ポアソン補正（PC)距離とガンマ補正距離
　2.3　ブートストラップ分散と共分散
　2.4　アミノ酸置換行列
　2.5　突然変異率と遺伝子の置換速度

第3章　塩基配列の進化的変化
　3.1　塩基配列間の違い
　3.2　塩基置換数の推定
　3.3　ガンマ補正距離
　3.4　進化距離の推定
　3.5　塩基配列のアラインメント
　3.6　進化距離を推定する場合の配列ギャップの扱い方

第4章　同義および非同義塩基置換数
　4.1　進化経路法
　4.2　Kimuraのモデルに基づいた方法
　4.3　コドンの第一，第二および第三ポジションでの塩基置換
　4.4　最尤法による推定

第5章　系統樹
　5.1　系統樹の種類
　5.2　樹形の違い
　5.3　系統樹作成法
　5.4　系統樹作成法に関する論争

第6章　系統樹の推定：距離法
　6.1　ＵＰＧＭＡ
　6.2　最小二乗(LS:least squares)法
　6.3　最小進化(ME:minimum evolution)法
　6.4　近隣結合(NJ:neighbor-joining)法
　6.5　系統樹作成に適当な進化距離

第7章　系統樹の推定：最節約法
　7.1　最節約（MP)系統樹の作成原理
　7.2　MP系統樹の検索方法
　7.3　コンセンサス系統樹
　7.4　枝長の推定
　7.5　加重節約法
　7.6　アミノ酸配列を用いたMP法
　7.7　共有派生形質

第8章　系統樹の推定：最尤法
　8.1　ML法の計算手続き
　8.2　塩基置換モデル
　8.3　タンパクデータを用いた最尤法
　8.4　最尤法の理論的基礎
　8.5　特定の樹形でのパラメーター推定
　8.6　ベイズ法による系統樹作成

第9章　系統樹の精度と統計的検定
　9.1　最適化原理と樹形の誤り
　9.2　内部枝検定
　9.3　ブートストラップ検定
　9.4　樹形の違いの検定
　9.5　様々な系統樹作成法の長所と短所

第10章　分子と時計と線形化系統樹
　10.1　分子時計仮説
　10.2　相対速度検定
　10.3　系統樹を用いた検定
　10.4　線形化系統樹
　10.5　分子時計が成り立たない場合の進化時間の推定

第11章　祖先タンパクのアミノ酸配列と自然選択
　11.1　祖先配列の推測：節約法
　11.2　祖先配列の推測：ベイズ法
　11.3　祖先の枝で生じた同義置換数と非同義置換数
　11.4　各コドン・サイトにおける自然選択
　11.5　収斂進化と平行進化

第12章　遺伝的多型と進化
　12.1　遺伝的多型の進化的意義
　12.2　遺伝子頻度データの解析
　12.3　分集団における遺伝的多様性
　12.4　多くの遺伝子座での遺伝的変異
　12.5　ＤＮＡ多型
　12.6　自然選択を検出するための統計的方法

第13章　遺伝的マーカーによる集団系統樹
　13.1　遺伝子頻度データのための遺伝距離
　13.2　制限酵素による塩基配列の解析
　13.3　ＲＡＰＤデータの解析

第14章　将来への展望
　14.1　統計的方法
　14.2　ゲノム計画
　14.3　分子生物学と進化

付録
　Ａ　数学記号と数学表記
　Ｂ　地質年代
　Ｃ　新生代と中生代の地質学的できごと
　Ｄ　化石データに基づく生物進化上のできごと

引用文献
訳者あとがき
事項索引
英語日本語対応リスト

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